Το ακαδημαϊκό πρόγραμμα της ειδίκευσης «Αρχαία Ιστορία» περιλαμβάνει υποχρεωτικά μαθήματα, μαθήματα επιλογής και εργαστήριο. Για την ολοκλήρωση του προγράμματος σπουδών συνολικού αριθμού 90 ECTS και την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) απαιτείται η παρακολούθηση: α) Δύο  υποχρεωτικών μαθημάτων κατά το πρώτο εξάμηνο σπουδών. β) Δύο  κατ’επιλογήν υποχρεωτικών μαθημάτων καθώς και του εργαστηρίου κατά το δεύτερο εξάμηνο σπουδών. γ) Η εκπόνηση της υποχρεωτικής μεταπτυχιακής διπλωματικής διατριβής (Μ.Δ.Δ.) κατά τη διάρκεια του τρίτου εξαμήνου σπουδών.