Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) «Αρχαίος Κόσμος: Ιστορία και Αρχαιολογία», στο οποίο συμμετέχουν οι Τομείς α) Αρχαίας και Μεσαιωνικής Ιστορίας και β) Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, παρέχει σε επιλεγμένους πτυχιούχους συστηματικές και ειδικές σπουδές, οι οποίες οδηγούν στην απόκτηση Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.). Το Π.Μ.Σ. εξειδικεύεται στις ακόλουθες κατευθύνσεις: 

•   Αρχαία Ιστορία (Ελληνική και Ρωμαϊκή)
•   Αρχαιολογία (Προϊστορική και Κλασική).

Το Π.Μ.Σ. στοχεύει στην προαγωγή της γνώσης και την ανάπτυξη της έρευνας, μέσω της διαμόρφωσης ειδικών επιστημόνων, στα γνωστικά αντικείμενα της Αρχαίας Ελληνικής και της Ρωμαϊκής Ιστορίας, της Προϊστορικής Αρχαιολογίας και της Κλασικής Αρχαιολογίας. Ως εκ τούτων, το Πρόγραμμα επιδιώκει την πολυδιάστατη εξέταση ποικίλων φαινομένων του αρχαίου κόσμου, μέσα από μια διαχρονική προσέγγιση, από τους Προϊστορικούς χρόνους έως την Ύστερη Αρχαιότητα, με διεπιστημονική αντίληψη.

Οι βασικοί άξονες του προγράμματος σπουδών συνοψίζονται ως εξής:

•   Υψηλού επιπέδου Μεταπτυχιακές Σπουδές με ειδικά διαμορφωμένα για κάθε εξάμηνο γνωστικά αντικείμενα (μαθήματα) σε μικρό αριθμό σπουδαστών.
•   Εξειδικευμένη και εις βάθος κατάρτιση στους ως άνω επιστημονικούς κλάδους και στις σύγχρονες εξελίξεις των αρχαιογνωστικών σπουδών.
•   Πρόσκληση διεθνώς αναγνωρισμένων ερευνητών και καθηγητών για τη διδασκαλία των Διεπιστημονικών Σεμιναρίων στις τρεις κατευθύνσεις του 3ου εξαμήνου σπουδών.  
•   Προώθηση νέων τεχνολογιών στην έρευνα και μελέτη των αρχαιογνωστικών επιστημών.
•   Ενδυνάμωση των συνεργασιών με ελληνικά και αλλοδαπά Ερευνητικά Κέντρα, Αρχαιολογικά Ινστιτούτα και ειδικές Αρχαιογνωστικές Βιβλιοθήκες
•   Ενθάρρυνση των σπουδαστών για συμμετοχή σε διεπιστημονικές ερευνητικές - ακαδημαϊκές δράσεις.