Το ακαδημαϊκό πρόγραμμα της κατεύθυνσης «Προϊστορική Αρχαιολογία» περιλαμβάνει υποχρεωτικά μαθήματα, μαθήματα επιλογής και Διεπιστημονικά Σεμινάρια. Για την ολοκλήρωση του προγράμματος σπουδών συνολικού αριθμού 120 E.C.T.S. και την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) απαιτείται η παρακολούθηση: α) Δύο υποχρεωτικών μαθημάτων κατά το πρώτο εξάμηνο σπουδών, β) Ενός υποχρεωτικού μαθήματος και ενός μαθήματος επιλογής (από άλλη κατεύθυνση  του Π.Μ.Σ.) κατά την διάρκεια του δευτέρου εξαμήνου σπουδών, γ) Του διεπιστημονικού  σεμιναρίου κατεύθυνσης, κατά το τρίτο εξάμηνο σπουδών, δ) Η εκπόνηση της υποχρεωτικής διπλωματικής εργασίας κατά τη διάρκεια του τέταρτου εξαμήνου σπουδών